到达百代市的小智一行人，在参观百代博物馆的时候遇上了盗窃事件。
“铃——”尖锐刺耳的警报声传遍整个百代博物馆。
小光道：“发生什么事了？”
小刚道：“是盗窃吗？”
小智无奈道：“是那三个学不乖的人，我们去看看吧！”
小刚和小光在小智的带领下，找到拿着金刚宝珠的火箭队三人，喵喵装扮成了向日花怪。金刚宝珠是神奥地区的神兽时空双神之一帝牙卢卡的专属增强绝招威力的道具。
在神奥的时空传说中，掌管时间的帝牙卢卡和掌管空间的帕路奇亚，在神奥的各个地区都有跟这两只有关的遗迹或者是古代神殿流传至今。
小光怒道：“火箭队，你们把东西还来！”
武藏道：“既然被三号小丫头识破就没有办法了！我们华丽大盗的身份明明很完美的！”
小光吐槽道：“你们那种蹩脚的伪装，识不破才是眼睛有问题了！”小光说话毫不留情。
小次郎赞同道：“话说我们最近的伪装是有些偷工减料了！”
武藏道：“不管了，想要抓我们，不可能！饭匙蛇，使用黑雾！”
武藏派出饭匙蛇使用了黑雾三人趁机逃了，黑雾散去，小光和小刚想要去追，但小智却道：“他们跑不掉的，这里已经被包围了。”
警车的鸣笛声，由远及近已经完全把百代博物馆团团包围住了。
君莎小姐带着一只臭鼬噗找到了小智三人，问道：“刚才与那华丽大盗对战的就是你们吗？”
小智拿出了自己的证件道：“被偷走的是金刚宝珠！这里现在我来负责！”
君莎小姐恭敬递回小智的证件道：“小智搜查官，您能提供帮助，我们很感激。”
“真是不敢相信，你们说犯人使用的是草系宝可梦？”菜种的声音响起，她也刚好来到了百代博物馆，在门口围观的人口中听说犯人是带着向日花怪的二人组，就很是生气。菜种对草系宝可梦的热爱还是一如既往啊！
“咦？这不是小智博士、小光和小刚......”菜种看到了小智三人正想要打招呼，小刚就窜了上去。
小刚满眼都是爱心，道：“菜种小姐，这是命运的重逢！多么令人怀念的草的香味，与你在百代森林中度过的日子......麻掉了！麻了！”
小刚被不良蛙放倒，晃晃斑拉走，一气呵成！
菜种这才能好好跟小智打招呼，道：“小智博士、小光好久不见，你们已经找到可怕的甜蜜了吗？”
小光道：“是的！”
君莎小姐押解着尚志来到了小智他们的面前，道：“小智搜查官，我们抓到一名可疑的男人！这个男的自称是宝可梦吟游诗人，带着毒蔷薇和向日花怪，怎么看都很可疑！”