在武斗岛逗留的小智一行人听乔伊小姐说大吾先生在石之洞窟挖掘石头，一行人便决定去趟石之洞窟。
小智刚到洞口就对众人道：“那三个笨蛋在。”
小刚吐槽道：“他们是不是在我们的身上装了定位器啊！怎么我们去哪里他们就能跟到哪里呢？”
小胜道：“可是大吾先生就在里面啊？我们总不可能不进去吧！”小胜还是期待的，但听到火箭队三人在，又觉得很讨厌的感觉，总之很复杂。
小智提议道：“走另外一条路吧！这样也能避开这些家伙！”
“赞成！”小刚三人很是赞成。
石之洞窟内的道路很是复杂，也不是只有一个入口，所以小智一行人成功的绕开了火箭队三人来到了洞窟之中，小刚还在岔路口贴上了标记，以免迷路。
小胜和小遥都是第一次进行洞穴探险，一路上都很期待的样子。
走着走着突然地面震动不已，很大一群的可可多拉似乎很生气的向小智等人涌来，地面就突然裂开了，小智他们掉到了石之洞窟的下一层，更糟糕的是一行人被冲散开了。
小智从泥土中将自己拔出来并找到了皮卡丘和小刚，小智道：“小刚你没事吧！”
小刚道：“还好！那群可可多拉是怎么回事啊？”
小智道：“看刚才的样子应该是被什么打扰而生气的样子。只是现在不是说这个的时候，我们好像和小胜与小遥走散了！”
小刚道：“先找他们吧！”
两人一路喊，一路找。石之洞窟跟之前小智说的一样，道路很多，很是复杂，靠着波导之力都暂时没有收获。小智和小刚这边在找到小遥姐弟前先遇到了小次郎。
小次郎看到小智与小刚很惊讶，道：“小鬼头，你们怎么也掉下来了！话说，你们是什么时候进来的？”
小智正色道：“因为可可多拉，小次郎我问你，可可多拉们生气跟你们有没有关系？”
小次郎心虚道：“当......当然没有了！”
小智道：“实话！”
小次郎道：“好吧，其实是我们挖陷阱的时候不小心挖到了可可多拉的巢穴才会如此的。”
小刚道：“你们真是成事不足败事有余！”
小智道：“看在你说了实话的份上，我们不计较了，这个给你。”小智将一张卡片给了小次郎。
小次郎道：“这是什么？”
小智道：“你们上次帮忙抓捕阿隆的酬劳，十万块够你们用一段时间了。”
小次郎拿着银行卡感动道：“小鬼头......你真是......”
小智道：“打住！你们做了好事我当然要奖励你们，要抓皮卡丘就要被打飞，上次我说的资助你们饭钱的事情并不是在开玩笑的。小次郎，我一直想问你，你回家当大少爷不好吗？怎么愿意出来过着这样的算得上是流浪的生活。”
小次郎叹了一口气，道：“我未婚妻鲁美嘉的事情你们都知道了，在家的话规矩礼仪各式各样的课程压得我喘不过气来。虽然火箭队的生活居无定所，但是我们是真的开心也是真的自由啊！”
小刚道：“还有这样的内幕啊！我们最开始只是认为你爸妈的控制欲太强，你才离家出走的。”
小次郎道：“也有这方面的原因啦！”
小智三人与皮卡丘，继续往前走，竟然遇到了一只可可多拉，可可多拉身后的青年就是芳缘地区的前冠军大吾先生。
小智问道：“您就是大吾先生吗？”
大吾道：“对，你就是小智吧！”大吾看到小智带着皮卡丘想了起来。
小智道：“大吾先生很高兴见到你。”
大吾道：“我也很高兴能见到你！早就听说了你的名字，又听我父亲说了在卡那兹市的事情，早就想见见你了！”
大吾问道：“小智你们怎么会在这里呢？”
小次郎往后缩了缩，小刚替他们解释道：“刚才遇到了一群生气的可可多拉就掉到这里了。”
大吾道：“这样啊！对了小智我有个东西想让你帮我看看。”大吾从口袋中拿出了一颗超级进化石。