“鞑虏未灭，半道崩殂，于心不甘啊…不甘啊…”
说到这里，声音戛然而止，只见其双眼圆睁，仍旧遥望北方。崇祯九年五月，军部大都督，上柱国，帝师袁可立卒。
朱由检紧赶慢赶，还是没有见到袁可立最后一面。到达袁府的时候，整个袁府哭声一片，礼部的人已经将老爷子入了棺，设了灵堂。朱由检见状扶棺痛哭，悲痛欲绝。
袁可立的身后事与徐光启一样，朱由检执弟子礼为其送葬，在英烈祠外塑袁可立像，树碑立传，随后入英烈祠，配享太庙，并在袁府前街衢之中修东西过街二石坊，左曰“三世司马”，右曰“国之柱石”。
后来，大明逐渐流传出一句话，文不过徐，武不过袁。由此可见，袁可立，徐光启在文武官之中的地位之崇高。
随后，朱由检按照袁可立遗愿，晋升李信为军部首席大都督，掌军部事，上柱国秦良玉辅之。晋升赵率教为昭武将军，孙传庭为建威将军，张晓为龙虎将军，郑芝龙为定国将军，孙国祯为昭勇将军，满桂为昭毅将军，至此，朱由检彻底将军部三品以上武职补全，其余职位皆按军功由各军之中提拔补足。
至于成国公，朱由检则在系统之外给他另外起了一个名号安置，名为奋威将军（无品级），就让他在陕西慢慢玩去。
崇祯九年十月，军部调洪承畴率部入河南，协同马祥麟，张世泽，唐王三部镇压河南，到崇祯十年三月，河南全境实现摊丁入亩，随后朱由检于各地皇庄学院抽调精干力量入豫，全力推行新政，推广高产粮种。
至七月秋收，虽然这一时期受到小冰河时期的影响，粮食受到不同程度的减产，但由于工部大力进行基础设施建设，翻修水利，疏通河道等，山西，山东，蓟州，顺天，河南，淮扬比之从前还是获得了相对意义上的“丰收”，台湾由于刚刚开发不久，更是年年获得丰收。大明北方第一次获得了真正意义上的粮食自给自足…
另一方面，由于工商业和海贸的兴起，北方商业逐渐兴盛，大沽口成为了北方第一大贸易港口，商旅往来不绝。
工部尚书范景文在朱由检的修路指标压迫之下，无奈求到了新晋内阁大学士宋应星那里。宋应星将收录在《天工开物》中的三合土的制作方法拿了出来，（灰一分入河砂，黄土二分，用糯米、羊桃藤汁和匀）并研究改善，制作出了功能更强大的糯米灰浆作为粘合剂，仍旧称三合土。
随后以细砂，碎石，黄土砖等为原料，以三合土为粘合剂修造出了平整耐造，硬度高，防渗透性好的直道。至崇祯九年底，大明第一条从大沽口至北京的直道修成通车。直道宽12米，采用双向三车道设计，道路两旁栽种树木并设立屏障，设卡收费。
同年，朱由检重整驿递制度，每六十里设陆驿一座，作军情专递，并设递铺以资民用。李自成于此时调任山海关驿丞，典邮传迎送之事。
在大明北方集中精力建设之时，南方却截然相反。至崇祯七年刘香大军溃败之后，南方见李信一直陈兵长江一线，久久没有动作，这才发现北军根本无意南下。没了来自北方的威胁，南京朝廷并未如北方一样开始建设，反而开始了内斗。
以熊廷弼为首的本土派主张北伐，而南下派则主张安于现状，双方各执一词，争吵不休。
崇祯八年初，刘香重整旗鼓，引南军沿长江北上攻武昌府。李信命何可纲，周遇吉领两万军出安庆府。双方于黄州大战，第一军凭借火器优势，一战溃之，收拢降兵，粮草无数。刘香再度狼狈逃回南京。
崇祯八年末，熊廷弼亲自挥军七万北上，以刘香为先锋大将进攻庐州，张溥总理后勤，声势浩大。李信亲率大军迎击，命卢象升总理炮营，以火炮轰击南军补给船，封锁江面。以曹变蛟，何可纲骑兵营穿插骚扰，双方在肥西县战至焦灼，南军粮道受阻，兵士逐渐疲敝。朱大典见状遣军民搬空庐州城后，引军弃城而走，并于城内遍至火油。熊廷弼见朱大典弃城大喜，遂引大军入庐州城，当他发现中计时为时已晚，眼见北军将庐州城团团包围，无奈只能堵死城门，固守待援。
是夜，暗中留于城内的死士点燃火油，庐州城顿时火光冲天，大火三日未歇，城内五万余南军大部丧生火海，待第一军入城之时，生者了了。南京伪首辅熊廷弼，伪大将军刘香尽皆没于庐州城大火之中。此战之后，北上派元气大伤，南下派占据上风，张溥继任南京首辅后，虽然仍旧高喊北上清君侧的口号，实际上则安于现状，企图与北军划江而治…
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